ユーザビリティの重要な原則のひとつに、「ユーザの行動に対して、必ず何らかのフィードバックを返す」というものがあります。今回のケースのようにクリックしても何もフィードバックがないと、ユーザの当惑や不信感につながってしまうことになります。
今回のケースでは、Flashの読み込みが終わるまでカテゴリ選択のボタンを表示しない、あるいは読み込み中にカテゴリがクリックされた際には、読み込み完了後にきちんと反応する、というような解決策が考えられます。
ただ、もう少し深く考えてみると、読み込み時間が必要なFlashをナビゲーションに使うこと自体が、「早く商品を探したい」というユーザのニーズと合っていない可能性もあります。Flashを使う際には、「本当にユーザを待たせる価値があるのかどうか」という点について改めて考えてみるとよいのではないでしょうか。